
Sejak 30 April 2011, dia menjabat Ketua Partai Kebebasan dan Keadilan (FJP), sebuah partai politik yang didirikan oleh Ikhwanul Muslimin setelah Revolusi Mesir 2011. Ia maju sebagai calon presiden dari FJP pada pemilu presiden Mei-Juni 2012. Pada tanggal 24 Juni 2012, Komisi Pemilihan Umum Mesir mengumumkan bahwa Mursi memenangkan Pemilu Presiden dengan mengalahkan Ahmed Shafik, Perdana Menteri terakhir di bawah kekuasaan Hosni Mubarak. Komisi Pemilihan menyatakan Morsi memperoleh 51,7 persen suara, sedang Shafiq mendapatkan 48,3 persen. Mursi kemudian mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Ketua FJP setelah kemenangan yang diraihnya.
Pada 3 Juli 2013 pukul 21:00 (GMT+2), Abdul Fattah el-Sisi, Kolonel Jenderal Angkatan Bersenjata Mesir, mengumumkan announced a road map rencana mendatang Mesir, menyatakan bahwa Morsi telah dilengserkan dan mengangkat kepala Mahkamah Konstitusi sebagai pemegang jabatan sementara Presiden Mesir. Akhirnya, setelah 1 tahun mendekam di penjara, pada tanggal 19 November 2014, Mursi bersama 35 pemimpin Ikhwanul Muslimin lainnya terancam didakwa dengan hukuman mati dengan tuduhan melakukan spionase kepada Qatar. Jaksa Emad el Sharawy menuduh Mursi dan para pembantunya membocorkan dokumen keamanan negara ke badan-badan intelijen asing, selain itu dia juga dituduh bekerja sama dengan organisasi yang diklaim sebagai kelompok teroris, seperti Hamas.
Mantan Presiden Mesir Muhammad Mursi meninggal dunia pada usia 67 tahun setelah pingsan di balik kerangkeng terdakwa dalam ruang sidang di Kairo, Senin (17/6/2019). Dia jatuh pingsan ketika disidang dalam kasus dakwaan mata-mata dan tak lama kemudian meninggal dunia. Stasiun televisi pemerintah Mesir melaporkan, penyebab kematian Mursi adalah serangan jantung. Para aktivis dan keluarganya sudah lama mengatakan bahwa Mursi tidak menerima perawatan secara serius terkait kesehatannya, seperti tekanan darah tinggi dan diabetes. Mereka juga menganggap bahwa Mursi secara terus-menerus ditahan di dalam sel isolasi.