Melanie menikah dengan Radja Simatupang pada 20 Juni 2003 dengan didahului delapan bulan pacaran itu akhirnya berpisah secara resmi pada 12 Oktober 2006. Kini Melanie telah bertunangan dengan pria bernama I Gusti Ngurah Agus Wijaya pada 11 Januari 2006. Ayahnya Adrie Subono yang lahir 11 Januari 1954; umur 63 tahun adalah seorang promotor musik Indonesia dan pendiri Java Musikindo. Ia sering mendatangkan musikus terkenal mancanegara untuk manggung atau konser atau mengadakan pertunjukan di Indonesia melalui Java Musikindo yang didirikannya, sejak pertengahan tahun 1990-an sampai era 2000-an. Adrie Subono adalah keponakan dari presiden Indonesia ke-3, B.J. Habibie dan ayah dari Melanie Subono.
Ternyata, tak ada respon juga dari Doni. Tak tahan dengan kondisi tersebut, melalui video singkat yang diunggah di akun Instagramnya, Selasa (11/4/2017) Melanie Subono pun menceritakan apa yang terjadi terhadap "anak" kesayangannya itu. Melanie bahkan menyebut bahwa ia sedang mengumpulkan bukti kuat untuk menyeret Doni ke pengadilan. Melanie, tampaknya cukup percaya diri untuk membawa kasus ini ke ranah hukum. Dalam unggahan lainnya, Melanie Subono kembali mencurahkan perasaannya. Ia pun mengajak masyarakat yang punya kasus sama untuk tak takut untuk mengadukan masalahnya. Sayangnya, hingga kini belum ada tanggapan dari Doni Herdaru Tona mengenai pernyataan Melanie Subono.