Anindya mengenyam Pendidikan dasar di Sekolah Dasar Triguna, lulus pada tahun 1986 sebelum melanjutkan Pendidikan menengah di sekolah Katolik khusus pria, Pangudi Luhur, yang keduanya berlokasi di Jakarta. Ia kemudian belajar di Phillips Academy di Andover, Massachusetts, sebuah sekolah menengah atas di United States.
Dilatarbelakangi oleh ketertarikan di bidang keuangan dan teknologi, serta keinginan mengikuti jejak bisnis Ayah serta Kakeknya, Anindya pada awalnya hendak mengambil ekonomi sebagai jurusan utama di bangku perkuliahan. Namun kemudian, Anindya meraih gelar sarjana di bidang Teknik Industri dari Northwestern University, Illinois, pada tahun 1996.
Ia kemudian mendapatkan gelar Master dari Global Management Immersion Experience (GMIX) program di Stanford Graduate School of Business pada tahun 2001. Ia kemudian berusaha menjembatani mahasiswa untuk dapat mengenyam Pendidikan di Stanford Business School melalui Bakrie Center Foundation. Saat ini ia menjabat sebagai Direktur Bakrie Group, yang kepentingan bisnisnya mengendalikan sejumlah perusahaan publik dengan kapitalisasi pasar gabungan sekitar US $ 15 miliar.
Anindya merupakan pendiri sekaligus CEO dari Visi Media Asia (VIVA) Group yang memiliki stasiun televisi dengan lini Berita dan Olah Raga, yakni tvOne, lini hiburan yakni ANTV, dan portal berita VIVA. Ia juga merupakan pendiri Bakrie Center Foundation yang menjadi wadah kegiatan filantrofi Anindya. Anindya sekarang menjabat sebagai Wakil Ketua di Kamar Dagang dan Industri Indonesia dan ditunjuk oleh Presiden Soesilo Bambang Yudhoyono sebagai Direktur dari APEC Business Advisory Council (ABAC).