
FC Utrecht - Sejak tahun 2009 dia berhasil mendapatkan tempat di Jong FC Utrecht, tim junior level kedua di bawah tim senior. Di musim pertamanya di Jong FC Utrecht, dia sukses mencetak 8 gol, termasuk satu gol di pertandingan debutnya. Dia berandil besar dalam mengantarkan tim muda FC Utrecht merebut Piala KNVB Junior 2009-10 dengan mencetak 2 gol di pertandingan final melawan Tim Junior De Graafschap yang berakhir dengan kemenangan 4-1 untuk FC Utrecht Junior. Pelatih FC Utrecht Ton Du Chatinier menilai Stefano merupakan kandidat kuat untuk mengisi tim senior.
Sabtu 6 Agustus 2011 merupakan hari bersejarah bagi Stefano Lilipaly. Pemain timnas Indonesia kelahiran 10 Januari 1990 ini menjalani laga perdana di liga utama Belanda, de Eredivisie. Bersama klubnya FC Utrecht ia bertandang ke VVV Venlo yang berakhir imbang tanpa gol. Walaupun baru diturunkan di menit 77' namun Stefano sangat gembira dengan penampilan perdananya. Kepada Radio Nederland, gelandang serang ini menyatakan lega dan nyaris menciptakan gol. Saya puas dengan penampilan pertama ini, sayang sekali gol saya tidak diakui. Penampilan pemain keturunan Maluku Belanda yang berminat memperkuat timnas Indonesia itu, sejak dua pekan ini sangat memukau.
Karier internasional - Dia pernah membela Belanda U-15 hingga U-18, namun menyatakan lebih memilih Indonesia untuk level senior. Pada Januari 2011 dia dipanggil Badan Tim Nasional PSSI untuk mengikuti seleksi tim nasional sepak bola Indonesia U-23 yang disiapkan untuk Sea Games 2011 dan kualifikasi Olimpiade 2012, namun akhirnya membatalkan kedatangannya dengan alasan belum pulih sepenuhnya dari cedera.[2][3] Stefano dipanggil oleh BTN bentukan PSSI dan KPSI untuk mengahadapi Arab Saudi pada laga kualifikasi piala asia melawan Arab Saudi, namun ia gagal untuk memperkuat skuat timnas karena ada masalah dengan administrasi saat pelatih dikepalai oleh Rahmad Darmawan. Pada 14 Agustus 2013, ia mengawali debut resminya di tim nasional Indonesia melawan Filipina dan membuat 1 assist dalam debut pertamanya. Pertandingan berakhir 2-0 untuk kemenangan Indonesia.