Indonesia telah meraih 2 medali emas, 3 medali perak, dan 4 medali perunggu. Dengan total 9 medali tersebut indonesia sementara menempati peringkat ke 43 pada klasemen perolehan medali Paralimpiade Tokyo 2020. Cina memimpin perolehan medali dan menjadi yang terkuat di dunia. Untuk kawasan Asia Tenggara atau negara-negara Asean, Thailand unggul dengan 5 medali emas menempati peringkat 25, disusul Malaysia di peringkat 39 yang mengoleksi 3 medali emas.
Indonesia sendiri menempati posisi 43 dengan meraih 2 medali emas, disusul Singapura di posisi 48 yang juga meraih 2 medali emas namun tidak memperoleh medali lainnya.
Berikut ini para atlet indonesia yang telah meraih medali di ajang Paralympic Tokyo 2020 :
- Hary Susanto / Leani Ratri Oktila Bulu Tangkis meraih medali Emas kedua 05 September 2021.
- Fredy Setiawan Bulu Tangkis Tunggal putra meraih perunggu pada 05 September 2021
- Leani Ratri Oktila Bulu Tangkis Tunggal Putri meraih medali Perak pada 05 September 2021.
- Leani Ratri Oktila / Khalimatus Sadiyah Bulu Tangkis medali Emas pertama 04 September 2021.
- Dheva Anrimusthi Atlet Bulu Tangkis Tunggal Putra meraih Medali Perak 04 September 2021
- Suryo Nugroho Atlet Bulu Tangkis Tunggal putra meraih Medali Perunggu 04 September 2021
- David Jacobs Atlet Tenis Meja tunggal putra meraih medali Perunggu pada 28 Agustus 2021
- Sapto Yogo Purnomo Atlet Lari 100 M Atletik meraih medali perunggu pada 27 Agustus 2021
- Ni Nengah Widiasih Atlet Angkat Besi meraih medali Perak sebagai medali pertama Indonesia.