
Ia sempat menjadi calon Ketua Umum PP Muhammadiyah periode 2015-2020, namun kemudian mengundurkan diri karena ingin berkonsentrasi sebagai Sekretaris Jenderal Partai Solidaritas Indonesia (PSI) yang baru didirikannya bersama beberapa politikus muda lainnya. Raja meraih gelar sarjana dari IAIN Syarif Hidayatullah (UIN Jakarta) pada tahun 2001 dengan riset berjudul Ayat-ayat Jihad: Studi Kritis terhadap Penafsiran Jihad sebagai Perang Suci.

Dengan beasiswa dari Australian Development Scholarhip (ADS) pada tahun 2010, Raja meneruskan studi doktoral di School of Political Science and International Studies pada Universitas Queensland, Australia. Ia berhasil mendapatkan gelar Ph.D dengan disertasi berjudul Religious Peacebuilders: The Role of Religion in Peacebuilding in Conflict Torn Society in Southeas Asia, dengan mengambil studi kasus Mindanao (Filipina Selatan) dan Maluku (Indonesia).