Pada 17 Juli 2019, Haller menandatangani kontrak dengan West Ham United dengan kontrak lima tahun. Pada tanggal 31 Juli, Haller mencetak gol pertamanya untuk West Ham. Dia membuat debut Liga Premier untuk West Ham pada 10 Agustus 2019 melawan Manchester City.
Pada tanggal 24 Agustus 2019 Haller mencetak gol pertama dan kedua di Liga Premier untuk West Ham melawan Watford dengan tendangan akrobatik. Pada 16 Desember 2020, Haller mencetak gol tendangan overhead melawan Crystal Palace di Liga Premier yang kemudian terpilih sebagai Gol Terbaik Liga Inggris.
Pada 8 Januari 2021, Ajax mengumumkan penandatanganan Haller dengan kontrak empat setengah tahun. Sebastien Haller direkrut Ajax Amsterdam dari West Ham United di bursa transfer musim dingin Januari kemarin. Heller diboyong seharga 22 juta Euro atau setara Rp 367 miliar. Setengah musim lalu, Haller mampu mengemas 11 gol dan lima assist dari 19 penampilan di Eredivisie. Musim ini lebih bersinar, sudah lima gol dikemasnya di Eredivisie dari tujuh laga.
Sebastian Haller pun dalam trek persaingan untuk meraih titel top skor Liga Champions. Penyerang Ajax Amsterdam ini telah mencuri panggung dalam dua match pertama Liga Champions. Haller sudah mencetak lima gol padahal sejatinya baru debut di Liga Champions. Heller mencetak empat gol kala Ajax Amsterdam membungkam Sporting Lisbon di matchday pertama. Kemudian ikut pula menyumbang gol dalam kemenangan kontra Besiktas. Sebastien Haller kini sementara menjadi top skor Liga Champions.