Masashi Kishimoto lahir di Prefektur(kota metropolis) Okayama, jepang, 8 November 1974. Ia mempunyai adik kembar bernama Seishi Kishimoto, yang juga merupakan seorang komikus yang telah menelurkan sebuah karya manga berjudul O-Parts Hunter / 666 Satan.Waktu masih kecil, Kishimoto sangat suka menonton anime. Salah satu kegemarannya adalah serial kartun anime Doraemon. Semua teman-teman Kishimoto pun menggemari karakter robot kucing gendut tersebut dan mereka semua suka menggambar karakter-karakter dalam serial tersebut. Tetapi di antara mereka, Kishimotolah yang paling perfeksionis, ia suka protes saat temannya salah menggambar karakter-karakter tersebut, lalu ia akan menunjukkan pada temannya cara menggambar karakter tersebut yang benar.
Saat bersekolah pun Masashi Kishimoto lebih suka menggambar daripada menyimak pelajaran. Bahkan ada cerita tentang dirinya yang tetap menggambar selagi bermain petak umpet, menunggu dirinya ditemukan oleh teman-temannya. Anime kesukaan Kishimoto selama duduk di sekolah dasar adalah Doraemon, hingga pada suatu hari ia menyaksikan anime Mobile Suit Gundam. Kishimoto mulai mengalihkan gambarnya dari karakter Doraemon yang simpel dan jenaka menjadi gambar Gundam yang lebih rumit dan gahar.
Kemudian pada perkembangannya, muncul lagi anime baru karangan Akira Toriyama (pencipta Dragon Ball), yakni Dr.Slump. Kishimoto mengagumi gaya menggambar Toriyama, kemudian mulai mempelajari dan menggambar karakter dalam anime tersebut. Kishimoto sendiri mengaku dirinya sangat terobsesi pada Toriyama-sensei. “Beliau bagaikan dewa bagiku, aku selalu menggambar tiap karakter yang bermunculan dalam Dragon Ball.” ujarnya suatu ketika. Kekaguman itu juga menjadi titik awal niat Kishimoto bercita-cita kelak akan menjadi komikus. Ia bertekad akan menjadi pembuat manga(komik) yang terkenal layaknya Akira Toriyama. Karya pertama Kishimoto adalah ‘Hiatari-Kun’ yang mengisahkan tentang seorang ninja remaja.
Namun ketika memasuki Sekolah Menengah Pertama, fokus Kishimoto membuat komik teralih oleh olahraga Baseball. Dirinya hampir tidak pernah menggambar karena tidak ada waktu. Namun suatu hari, ia melihat sebuah poster anime yang memiliki gambar karakter yang kuat. Anime tersebut berjudul ‘Akira’ karya Katsuhiko Ootomo. Kishimoto memandangnya dengan terkesima dan semangatnya untuk menjadi seorang komikus kembali menyala-nyala. Masashi Kishimoto mulai menggambar-ulang karakter-karakter dalam manga ‘Akira’, namun kali ini, seberapa pun ia berusaha meniru, gambarnya tidak pernah bisa mirip. Hal ini wajar karena ‘Akira’ adalah salah satu manga yang paling orisinil hingga saat ini. Efek, desain dan konsep karakternya lain dari manga yang lain.
Dari ‘Akira’ lah Kishimoto tertantang untuk menciptakan karakter orisinil nya sendiri dengan gaya menggambarnya. Namun ia tak sanggup mengalihkan pikirannya dan menghabiskan sisa masa SMP nya menggambar dengan citra Ootomo-sensei. Pada saat bersekolah di tingkat SMA, Kishimoto merampungkan sebuah manga pendek sebanyak 31 lembar halaman. Ketika manga tersebut ditunjukkannya pada adiknya, adiknya hanya berkata bahwa manga itu ‘jelek’. Penasaran dengan jawaban itu, Kishimoto lalu menunjukkan manga tersebut kepada ayahnya. Jawaban yang diterimanya dari beliau juga sama dengan adiknya. Tak menyerah sampai disitu, Kishimoto mengirimkan manga tersebut untuk Jump Magazine Award. Namun seperti yang dapat diduga, ia gagal.
Kegagalan tersebut malah semakin memacu semangat Kishimoto untuk terus membuat komik, namun acapkali dirinya gagal. namun ia tak pernah menyerah, hingga ia akhirnya harus lulus SMA dengan peringkat 38 dari 39 siswa. Tak pelak hal ini juga membuat Kishimoto gelisah tentang masa depannya. Namun hanya satu tekad yang ia pegang, ‘semua akan berhasil’. Dengan tekad inilah ia menggambar dan terus mengirimkan komiknya ke Jump Magazine. Akhirnya kerja keras tak kenal lelahnya berbuah manis. Komik pertamanya yang dimuat oleh Jump Weekly adalah ‘Karakuri’ pada tahun 1996. Kemudian salah satu draft (rancangan awal) manga nya yang bercerita tentang ninja remaja dari desa Konohagakure yang merupakan titisan siluman rubah berekor sembilan menarik perhatian para editor Jump. Segera saja manga tersebut dimuat dan kita kenal sebagai Naruto Uzumaki Series.