Boutros Boutros-Ghali lahir di Kairo dalam keluarga Kristen Koptik (Boutros adalah bentuk Arabik dari Petros, bentuk Koptik dari nama Peter) yang telah memberikan Mesir seorang Perdana Menteri (Boutros Ghali, 1846 – 1910). Dia lulus dari Universitas Kairo pada tahun 1946 dan mendapat Ph.D. dalam hukum internasional dari Universitas Paris dan juga diploma dalam hubungan internasional dari Institut Ilmu Politik Paris (lebih dikenal dengan sebutan sederhana Sciences Po) pada tahun 1949.

Dia telah lama dikaitkan dengan pihak yang berkuasa di Mesir. Karier politiknya menanjak pada zaman mantan presiden Anwar El-Sadat. Dia adalah anggota Komite Pusat Persatuan Sosialis Arab (1974-77). Dia telah menjabat di Kementrian Negara Urusan Luar Negeri Mesir semenjak 1977 sampai awal 1991. Dia lalu menjadi Wakil Menteri Luar Negeri untuk beberapa bulan sebelum pindah ke PBB. Sebagai Menteri Negara Urusan Luar Negeri, dia memainkan peranan dalam persetujuan perdamaian antara Presiden Mesir Anwar Sadat dan Perdana Menteri Israel Menachem Begin.