Direktur Utama Citilink, Albert Burhan, membantah bahwa pilot pesawat QG-800 jurusan Surabaya-Jakarta dalam kondisi mabuk saat akan menerbangkan pesawat pada pukul 05.15 WIB. Albert menyatakan pilot tersebut telah diperiksa di klinik Bandara Juanda, Surabaya, setelah para penumpang menduga bahwa dia mabuk. Ketika ditanya tes apa yang dilakukan terhadap sang pilot, Albert mengaku tidak tahu. "Kami akan mengetes lebih lanjut. Saya tidak tahu kenapa pilotnya berbicara seperti itu," tambahnya. Pergantian pilot kemudian dilakukan. Menurut Albert hal ini ditempuh agar jadwal penerbangan tidak tertunda lebih lama.Dugaan bahwa pilot maskapai Citilink dalam keadaan mabuk diutarakan Eddy Roesdiono, salah satu penumpang maskapai tersebut. Eddy mengatakan pesawat akan berangkat sesuai jadwal, pada pukul 05.15 WIB. Namun, ketika pilot menyampaikan pesan kepada para penumpang melalui interkom, Eddy mengaku gaya bicara pilot amat janggal. "Pilot memperkenalkan dirinya dan kopilot. Setelah itu, pilot melantur, 'We are going to get ready, everything is ready. Oh yes, yes, already already'. Kemudian dia menyebutkan nama pramugari, beberapa wanita. Lalu ketika sampai pada nama Rike, pilot mengatakan, 'Rike…Rike…Rike..' Itu kan tidak normal, standar prosedurnya kan tidak seperti itu," papar Eddy.
Selanjutnya, menurut Eddy, pilot mengeluarkan suara gumaman panjang diikuti bunyi statis yang terdengar melalui pengeras suara. "Para penumpang kan merasa ada yang tidak beres. Kemudian para penumpang turun dari pesawat dan meminta pilot diganti," kata Eddy. Di area parkir pesawat, para penumpang dikumpulkan. Meski demikian, pilot yang diduga mabuk itu tidak segera muncul dari kokpit. Menurut Eddy, pilot baru keluar setelah ada mobil mendekati pesawat dan menjemputnya. "Kita masih sempat melihat dia digiring turun, lalu masuk ke dalam mobil. Tidak jelas apakah dia sempoyongan," kata Eddy.
Setelah itu, pilot pengganti muncul dan meyakinkan para penumpang bahwa dirinya dalam kondisi bugar. "Pilot pengganti menyapa kami dan memperkenalkan identitasnya. Saat itu dia berbicara, 'Saya dalam keadaan sehat'," tutur Eddy, menirukan ucapan sang pilot pengganti. Para penumpang kemudian naik ke pesawat dan bertolak dari Bandara Juanda, Surabaya, pada pukul 06.20 WIB, lewat satu jam dari jadwal seharusnya. Pilot pengganti Citilink menyapa para penumpang dan memastikan bahwa dirinya dalam kondisi bugar.