Djohan Effendi (lahir di Kandangan, Hulu Sungai Selatan, 1 Oktober 1939 – meninggal di Geelong, Victoria, 17 November 2017 pada umur 78 tahun) adalah menteri sekretariat negara Kabinet Persatuan Nasional era presiden Abdurrahman Wahid. Sebelumnya ia merupakan Staf Khusus Sekretaris Negara/Penulis Pidato Presiden Soeharto (1978-1995) dan ia telah menulis ratusan pidato untuk Presiden Soeharto. Ketika Abdurrahman Wahid menjabat sebagai presiden, ia diangkat sebagai Menteri Sekretaris Negara.Ia dikenal sebagai pembela kelompok Ahmadiyah dan senior di kalangan aktivis liberal. Namanya masuk dalam buku “50 Tokoh Liberal di Indonesia” untuk kategori pionir atau pelopor gerakan liberal bersama dengan Nurcholis Madjid dan Abdurrahman Wahid. Bagi Djohan, Ahmadiyah mempunyai hak yang sama dalam menjalankan keyakinannya di Indonesia.
Ia dikenal sebagai sebagai pemikir Islam inklusif yang sangat liberal. Dalam memahami agama, Djohan sampai pada kesimpulan: "pada setiap agama terdapat kebenaran yang bisa diambil." Karena itu, ia sangat prihatin pada segala bentuk pertetangan yang mengatasnamakan agama. Karier Djohan sebagai penulis pidato Presiden tamat ketika ia "nekat" mendampingi K.H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) berkunjung ke Israel, 1994. Kunjungan itu ditentang keras oleh sejumlah kelompok Islam. Bahkan, Moerdiono, Sekretaris Negara saat itu, juga ikut menyesalkannya.
Djohan Effendi, Menteri-Sekretaris Negara pada masa presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid (Gus Dur), meninggal dunia. Djohan meninggal di Australia. Hal serupa diungkapkan oleh anggota Jaringan Gusdurian yang mengatakan Djohan berada di Australia. Djohan Effendi pada usia 78 tahun di RS Geelong, Australia.