Wafatnya Habib Ja'far bin Muhammad Al Kaff saat berbaring. Hal ini diungkapkan Pengasuh Pondok Pesantren Al-Madinah, Gunungpati, Semarang, Habib Umar Al-Muthohar mewakili keluarga. "Beliau enggak sakit. Tadi sore masih berbincang dengan Habib Ridho yang selalu mendampingi," tuturnya. Beberapa saat kemudian Habib Ridho mau keluar kamar. Saat kembali ke kamar, Habib Ja'far merasa kurang enak badan. "Kemudian dibaluri minyak dan istirahat di tempat tidur," ujarnya. Saat akan dibangunkan, Habib Ja'far sudah wafat. "Jadi Allah memberi jalan yang mulus kepada Habib Ja'far saat beliau dipanggil," lanjutnya. Sabtu (2/1/2021) pagi jenazah almarhum Habib Ja'far dibawa ke Kudus, Jawa Tengah dimakamkan Sabtu siang di Pemakamam Ploso Kudus disamping ayah dan datuknya.
Habib Umar Al-Muthohar juga mengingatkan kepada masyarakat yang ingin bertakziah agar mematuhi protokol kesehatan. "Kalau jamaah yang akan takziah, tetap patuhi protokol kesehatan. Seadainya tidak bisa datang, bisa didoakan dari rumah," katanya. Ucapan belasungkawa datang dari berbagai pihak. Di antaranya Ketua Umum Pimpinan Pusat GP Ansor, Yaqut Cholil Qoumas. "Pimpinan Pusat GP Ansor turut berbelasungkawa atas wafatnya Habib Ja'far Al Kaff," kata Gus Yaqut juga menjabat sebagai Menteri Agama (Menag).