Zucker lahir dalam keluarga Yahudi di Homestead, Florida , dekat Miami, pada tanggal 9 April 1965. Ayahnya, Matthew, adalah seorang ahli jantung, dan ibunya, Arline, adalah seorang guru sekolah. Dia adalah kapten tim tenis SMA North Miami, editor koran sekolah, dan reporter lepas remaja (" stringer ") untuk The Miami Herald. Zucker juga adalah ketua kelas sophomore, junior, dan senior, menjalankan slogan "Pria kecil dengan ide-ide besar." Ia lulus dari Sekolah Menengah Atas Miami Utara pada tahun 1982.
Sebelum kuliah, ia mengambil bagian dalam program Institut Sekolah Menengah Nasional Universitas Northwestern untuk jurnalisme. Zucker melanjutkan ke Universitas Harvard. Dia adalah presiden surat kabar sekolah, The Harvard Crimson , selama tahun seniornya. Karena itu, ia mendorong persaingan lelucon Crimson selama beberapa dekade dengan Harvard Lampoon , yang kemudian dipimpin oleh karyawan NBC masa depan Conan O'Brien , yang memuncak pada Zucker yang menangkap O'Brien. Zucker lulus dari Harvard pada 1986 dengan gelar Bachelor of Arts dalam sejarah Amerika.