Kemudian, pada Kamis malam, 24 Maret 2016, pembunuhan sadis menimpa Shah. Pria yang dikenal sebagai pembawa pesan damai di Kota Glasgow itu tewas dibunuh di tempat kerjanya. Seorang pria berjenggot mengenakan jubah panjang memasuki toko buku tempat Shah bekerja. Ia menghampiri Shah lalu berbicara dalam bahasa ibunya kepada Shah. Pria itu marah dan lalu menghunjamkan pisau dapur ke arah kepala dan tubuh Shah. Diduga pembunuh ini marah dengan posting-an Shah selama ini, baik lewat kartu ucapan selamat maupun di media sosial.
Beberapa orang tampak menangis tak sanggup menahan sedih atas akhir hidup Shah, yang disebut sebagai pembawa pesan perdamaian di kota itu. Ratusan orang hening sesaat untuk menghormati kematian penjaga toko buku tersebut. Ribuan orang dari berbagai tempat di Inggris mengucapkan duka mendalam. "Semua orang mengatakan dia lelaki paling baik. Dia sangat penuh cinta. Semua orang punya cerita manis tentang dia dan kisah-kisah hangat. Ini sangat, sangat menyedihkan," kata Eildon Dyer. Julie MacRae, rekan kerja Shah, mengungkapkan betapa baiknya pria berdarah Pakistan ini. "Saya terkejut karena dia begitu baik. Dia sangat baik kepada keluarga saya. Setiap tahun dia mengirim kartu ucapan Selamat Natal dengan pesan-pesan damai," ujarnya.
Kepedihan yang dalam datang dari umat Ahmadiyah. Shah adalah penganut Ahmadiyah. Di kota ini, penganut Ahmadiyah dikenal kerap menyuarakan anti-kekerasan dan toleransi. Namun, di Pakistan, umat Ahmadiyah mengalami berbagai kekerasan. Pemimpin organisasi pemuda muslim, Yayasan Ramadhan, Mohammed Shafiq, menegaskan pembunuhan terhadap Shah harus dikutuk oleh semua orang. Polisi belum memastikan siapa pembunuh Shah, termasuk motifnya. Namun seorang laki-laki 32 tahun yang dimintai keterangan oleh polisi pada Kamis malam itu mengatakan pembunuhan ini bermotifkan agama. Polisi masih memburu pembunuh tersebut.