
Muhadjir menempuh pendidikan sarjana muda di IAIN Malang, kemudian meraih gelar sarjana di IKIP Negeri Malang (saat ini menjadi Universitas Negeri Malang). Ia lalu menempuh pendidikan pascasarjana Universitas Gadjah Mada dengan gelar Magister Administrasi Publik (MAP) pada tahun 1996. Kemudian pada 2008, Muhadjir berhasil menyelesaikan pendidikan strata tiga bidang sosiologi militer di Program Doktor Universitas Airlangga. Selain itu dia juga beberapa kali mengikuti kursus di luar negeri antara lain di National Defence University, Washington, D.C. pada tahun 1993, dan di Victoria University, British Columbia, Kanada pada tahun 1991. Muhadjir saat ini tercatat sebagai Guru Besar Sosiologi Jurusan Pendidikan Luar Sekolah Fakultas Ilmu Pendidikan Universitas Negeri Malang. Selain itu, ia juga menjadi pengajar di Direktorat Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Malang pada bidang Sosiologi.
Sejak 2015, Muhadjir menjadi Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah periode 2015 sampai 2020. Muhadjir pernah mendapatkan tanda jasa yaitu Satayalencana Karya Satya XX pada 2010. Ia menduduki jabatan sebagai rektor di UMM sebanyak tiga kali. Muhadjir menjabat sebagai rektor pada periode 2000–2004, 2004–2008, dan periode 2008–Februari 2016. Selain itu, Muhadjir juga aktif menulis sejumlah buku di antaranya Bala Dewa, Seperti Menyaksikan Dahlan Muda, dan juga Muhammadiyah dan Pendidikan di Indonesia. Semasa muda, Muhadjir aktif sebagai wartawan kampus hingga mendirikan surat kabar kampus UMM, BESTARI pada 1986. Ia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Persatuan Wartawan Indonesia Perwakilan Malang Raya, dan juga merupakan penulis artikel lepas di beberapa media massa nasional.