Ia memiliki seorang istri dan dua putri. Pada 2017, ia sempat ditolak warga Dayak Sintang saat berkunjung ke Kalimantan. Ia juga sempat ikut serta dalam Aksi Bela Islam serta aksi-aksi yang dilakukan alumni 212 pada masa setelahnya. Dalam pemilihan umum Presiden Indonesia 2019, ia tercatat sebagai salah satu pendukung pasangan Prabowo Subianto-Sandiaga Uno. Pada Agustus 2019, ia menuai sorotan karena menyebut letak calon ibukota Indonesia yang baru yang terletak di Kalimantan Timur berada di garis lurus dengan Beijing, ibukota Republik Rakyat Tiongkok, dan berpendapat bahwa letak ibukota tersebut dapat dengan mudah dijangkau dengan rudal. Purnawirawan panglima TNI Moeldoko menyatakan bahwa rudal saat ini tidak lagi memiliki target garis lurus.
Dalam cuitan di Twitter, ia mengaku mengikuti Jamaah Tabligh sejak 1988. Pada Juni 2020, ia mempermasalahkan isi dari artikel Pembantaian di Indonesia 1965–1966 dan Partai Komunis Indonesia di Wikipedia bahasa Indonesia dan membuat tagar #BoikotWikipedia yang menjadi trending topic pada 3 Juni 2020. Tengku Zulkarnain dirawat sejak 2 Mei 2021 karena positif Corona. Dia dirawat di RS Tabrani Pekanbaru. Ustaz Tengku Zulkarnain meninggal dunia setelah dinyatakan positif Corona atau COVID-19 sekitar 1 menit setelah selesai azan Magrib, kata Direktur Corporate Communication RS Tabrani, Ian Machyar, Senin (10/5/2021). Tengku Zulkarnain dalam kondisi stabil saat pertama kali masuk di RS dan Tengku Zulkarnain tidak memiliki penyakit lain. Tengku Zulkarnain dinyatakan terpapar COVID setelah melakukan swab PCR di RS Tabrani. Saat itu, dia berencana pulang ke Medan, Sumatera Utara.