Pada 2014 ia menduduki posisi Kepala Kanwil Ditjen Pajak Jawa Barat Dua. Lalu pada 2016, menjadi Kepala Kanwil DJP Jakarta Pusat. Hingga pada 20 Mei 2016 Angin Prayitno Aji dilantik menjadi Direktur Pemeriksaan dan Penagihan Ditjen Pajak oleh Menteri Keuangan saat itu, Bambang Brodjonegoro. Ketika menduduki posisi itu, ia terlibat dalam proses pemeriksaan wajib pajak nakal yang tidak mengikuti program pengampunan pajak atau tax amnesty, pada pertengahan 2017, dengan pemeriksaan mengacu pada data milik Ditjen Pajak.
Kemudian, saat menjabat sebagai Direktur Pemeriksaan, Prayitno juga pernah diperiksa KPK pada November 2018, sebagai saksi dalam kasus suap Kepala Kantor Pelayanan Pajak Pratama Ambon, La Masikamba. La Masikamba terjerat dalam operasi tangkap tangan KPK, dan ditetapkan sebagai tersangka pada 4 Oktober 2018, yang kemudian divonis 15 tahun penjara pada Mei 2019, karena terbukti menerima suap pajak dari beberapa pengusaha.
Angin Prayitno Aji dilantik menjadi Direktur Ekstensifikasi oleh Menteri Keuangan Sri Mulyani Indrawati pada 23 Januari 2019. Dalam pelantikan, Sri Mulyani berpesan agar Ditjen Pajak bisa membangun reputasi dan kepercayaan publik melalui pelayanan yang lebih baik, serta membangun kredibilitas dalam berinteraksi dengan wajib pajak, dan melaksanakan undang-undang secara konsisten dengan profesional.
Berdasarkan Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara, Angin Prayitno terakhir melaporkan harta kekayaan pada Februari 2020 untuk tahun pelaporan 2019. Tercatat, ia memiliki harta sejumlah 18 koma 62 miliar rupiah, dengan rincian 3 bidang tanah dan bangunan yang tersebar di Jakarta Timur dan Jakarta Selatan senilai 14 koma 9 miliar, 3 unit mobil senilai 364 koma 4 juta rupiah, kemudian harta bergerak lainnya senilai 1 koma 09 miliar rupiah. Angin Prayitno juga tercatat memiliki kas dan setara kas sejumlah 2 koma 2 miliar, dan harta lainnya sejumlah 23 koma 3 juta rupiah.
Angin Prayitno Aji, Direktur Ekstensifikasi Direktorat Jenderal Pajak atau DJP Kementerian Keuangan, profilnya hilang dari laman resmi daftar pejabat DJP, setelah Menteri Keuangan Sri Mulyani membebaskannya dari segala tugas karena diduga terlibat korupsi, kasus suap, untuk memudahkan proses penyidikan Komisi Pemberantasan Korupsi. Sri Mulyani mengatakan tidak bisa menolerir tindakan korupsi sekecil atau sebesar apa pun. Korupsi adalah pelanggaran kode etik pegawai di lingkungan Kementerian Keuangan.