
Suster Pfau diakui di Pakistan dan di luar negerinya sebagai orang terhormat serta telah menerima banyak penghargaan maupun tanda jasa. Pada tanggal 23 Maret 1989, ia menerima penghargaan Hilal-i-Pakistan, yang dianugerahkan di Rumah Kepresidenan Pakistan oleh Presiden Ghulam Ishaq Khan, atas karyanya bagi para pasien kusta. Dalam suatu acara di Islamabad pada tanggal 30 Januari 2000, untuk menandai Hari Kusta Sedunia yang ke-47, Presiden Muhammad Rafiq Tarar memuji Sr. Pfau, yang membangun Program Nasional Pengendalian Kusta di Pakistan, karena tidak hanya berkarya bagi mereka yang menderita penyakit kusta, tetapi juga bagi mereka yang menderita tuberkulosis (TBC). Pada tahun 2006, Sr. Pfau dihormati sebagai "Woman of the Year 2006" oleh City FM 89, suatu stasiun radio Pakistan.
Pada tanggal 14 Agustus 2010, bertepatan dengan Hari Kemerdekaan Pakistan, Presiden Asif Ali Zardari menganugerahinya Nishan-i-Quaid-i-Azam atas pelayanan publik.[35] Ia dipuji sebagai "Ibu Teresa"-nya Pakistan karena karyanya dalam membantu orang-orang yang kehilangan tempat tinggal akibat banjir Pakistan 2010. Pada tahun 2015, Sr. Pfau dianugerahi Tanda Jasa Staufer, penghargaan tertinggi Baden-Württemberg, suatu negara bagian Jerman. Pada tanggal 19 Agustus 2017, Ketua Menteri Sindh Syed Murad Ali Shah mengumumkan bahwa Civil Hospital Karachi (CHK) akan diganti namanya menjadi Dr. Ruth Pfau Hospital sebagai pengakuan atas "pelayanan tanpa pamrih dari almarhumah sang pelayan sosial".