
Ia menjadi Ketua Bakornas Lembaga Pers Mahasiswa Islam pada 1986-1987, ketua senat mahasiswa STIE Swadaya tahun 1988-1990, dan ketua umum DPP Gema Kosgoro. Setelah kuliah, dia juga aktif di berbagai organisasi. Dia menjabat Wasekjen DPP REI, Wasekjen PP AMPG, Wakil Sekertaris Partai Golkar, Ketua DPP AMPI. Selain aktif di berbagai organisasi, Zainudin Amali juga dikenal sebagai seorang pengusaha. Sukses sebagai pengusaha, Zainudin Amali terjun ke dunia politik. Bergabung dengan Partai Golkar, ia tiga kali menjadi anggota DPR dengan daerah pemilihan berbeda.
Sementara karier politiknya mulai terlihat saat dia menjadi anggota DPR dari Golkar tiga kali berturut dengan daerah pemilihan (Dapil) yang berbeda. Dia menjadi anggota DPR RI periode 2004-2009 dapil Provinsi Gorontalo, 2009-2014 mewakili Jawa Timur, dan 2014-2019 dapil Madura. Di Partai Golkar kariernya terbilang sukses. Pada 2013, Amali dipercayai Ketua Umum Partai Golkar Abuirizal Bakrie untuk memimpin Golkar Jawa Timur. Menjelang munas Golkar pada 2014, Zainudin Amali memilih ikut Munas Ancol ketimbang Munas Bali. Dalam munas di Bali terpilih Aburizal Bakrie dan Idrus Marham sebagai ketua Umum dan Sekjen. Sementara hasil Munas Ancol terpilih Agung Laksono dan Zainudin Amali.