Selanjutnya, pada pemilu legislatif 2014, ia terpilih menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat untuk masa periode 2014-2019 dengan meraih suara sebanyak 76.608 di daerah pemilihan (dapil) Sulawesi Selatan III. Saat ini ia anggota Komisi II DPR-RI yang membidangi Pemerintahan Dalam Negeri & Otonomi Daerah, Aparatur & Reformasi Birokrasi, Kepemiluan, Pertanahan & Reforma Agraria. Markus Nari mempunyai dua orang anak hasil pernikahannya dengan Ir. Oktrin Tumimomor. Ia bertempat tinggal di Wisma DPR RI Blok F5 No. 474, RT 013 RW 005, Kelurahan Rawa Jati, Kecamatan Pancoran, Jakarta Selatan.
Pada Maret 2010, nama Markus Nari mencuat di media. Ia santer diberitakan lantaran peristiwa dugaan melempar botol mineral ke arah Ketua DPR, Marzuki Alie, ketika terjadi kericuhan dalam Sidang Paripurna. Namun, Markus membantah pemberitaan tersebut. Ia berdalih membuang botol ke bawah, sebagai bentuk kekesalannya atas kepemimpinan Marzuki. Sementara itu, dalam rekaman media, Markus memang terlihat menghampiri meja pimpinan DPR tak lama setelah Marzuki menutup Sidang Paripurna di tengah hujan interupsi. Botol mineral yang ada di meja diambilnya dan diayunkan ke arah Marzuki. Tidak jelas apakah botol tersebut dilempar atau hanya dikibaskan.