Pada pemilu 2014 Ambroncius kembali mencalonkan diri sebagai calon anggota Dewan Perwakilan Rakyat 2014–2019 untuk Bali nomor urut empat dan kembali tidak lolos. Pada Pileg 2019, lagi-lagi bapak satu anak itu mencalonkan diri sebagai anggota DPR dari Partai Hanura. Kali ini Ambroncius mencalonkan diri sebagai anggota DPR RI dari Dapil Papua. Namun, baik Hanura maupun Ambroncius gagal ke Senayan pada 2019.
Selain berkiprah di Hanura, Ambroncius juga ketua Projamin. Jejak digital memperlihatkan bahwa Projamin adalah sebuah sukarelawan yang dibentuk untuk mendukung Jokowi-KH Ma'ruf Amin di Pilpres 2019 lalu. Kabar terbaru Drs. Ambroncius I.M Nababan, MM dianggap bersikap rasis terhadap tokoh kemanusaan Papua, Natalius Pigai. Ambroncius memasang foto Natalius berdampingan dengan seekor gorila di akun Facebook-nya, Sikap rasis tersebut yang kemudian yang menjadi perbincangan hangat publik akhir-akhir ini. Namun belakangan, tulisan rasis Ambroncius tersebut telah dihapus.
Senator asal Papua Filep Wamafma meminta agar perbuatan rasis Ambroncius diproses hukum. Filep meminta agar politikus Partai Hanura tersebut ditindak secara hukum karena telah melanggar Undang-Undang (UU) Nomor 40 Tahun 2008 tentang Penghapusan Diskriminasi Ras dan Etnis. Selain itu, Filep juga khawatir jika negara tidak segera bertindak, gejolak sosial penolakan dari masyarakat Papua akan terjadi, seperti kasus rasisme Surabaya sebelumnya. Apalagi, rasisme Ambroncius terhadap tokoh Papua, sambung dia, dilakukan secara terang-benderang di media sosialnya yang tentunya bisa dibaca oleh seluruh rakyat Indonesia.
Polda Papua Barat akan menindaklanjuti laporan polisi yang telah dilayangkan Ketua Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI) Papua Barat Sius Dowansiba. Ketua KNPI Papua Barat itu melaporkan pemilik akun media sosial atas nama Ambroncius Nababan-anggota Partai Hanura yang mencibir Natalius Pigai dengan ucapan gorila dan kadrun gurun di media sosial. Ucapan tersebut akhirnya berujung pada laporan polisi dengan nomor laporan LP/17/I/2021/Papua Barat ter tanggal 25 Januari Pukul 13.46 WIT atas dugaan tindak pidana rasisme dengan terlapor pemilik akun media sosial Ambroncius Nababan.